1297年（永仁5年）桑名郡長島町坂手に始まる。土地の人々が京都から学徳の高い僧侶を招いて建立。当初は大通院と名乗り真言宗の寺院であった。その後、本願寺第３代覚如上人(1270～1351)とのご縁があり浄土真宗へと変わり、「西勝寺」の名を賜る。第10代証如上人（1516～1554）の『天文日記』には「辰田西勝寺」として記録される。

  織田信長軍と戦った長島一向一揆の敗戦で僧侶や門徒の勢力が弱まる。また、度重なる水害のため土地が失われたので桑名へ移転する。
  1598年（慶長3年）桑名藩主本多忠勝による「慶長の町割り」にて現在の土地が与えられる。その後第14代寂如上人（1651～1725）から「最勝寺」の名称を賜る。

  1945年（昭和20年）桑名空襲の際、本堂・庫裡・山門・鐘楼・客殿・書院などすべて焼失。
  1948年（昭和23年）庫裡兼仮本堂新築。
  1959年（昭和34年）伊勢湾台風罹災。床上１ｍ浸水。
  1965年（昭和39年）本堂再建